Я бы постарался не начинать с экспериментов на живом нагретом мотоцикле - зачем рисковать движком?
По описанию более всего похоже, что вентилятор дает бешеную электрическую нагрузку (близкую к короткому замыканию) и мотоциклу банально не хватает электричества. Проверяется это так: ищешь информацию о том, какая в норме потребляемая вентилятором мощность (инфа может быть на самом вентиляторе, или в мануале). С плюса и минуса аккумулятора кидаешь две "сопли": одну на минус вентилятора, вторую на амперметр (подойдет банальный китайский мультиметр за 150 руб), со второй клеммы амперметра, соответственно, на плюс вентилятора. Дальше ток, который намерит амперметр, умножаешь на 12 - паспортное напряжение аккумулятора - получаешь реальную потребляемую вентилятором мощность. Если эта мощность заметно (в 2 и более раза) больше паспортной, значит в вентиляторе закорочена часть обмотки/обмоток. Ремонту это если и подлежит, то по деньгам будет дороже, чем купить новый - это плохо. Но причина проблемы найдена - это хорошо.
Если вентилятор потребляет близко к своему паспортному значению, то надо искать причину дальше.
При нормальной температуре движка имитируешь срабатывание датчика температуры (просто замыкаешь идущие на датчик провода), если моц не глохнет, значит проблема к вентилятору не имеет никакого отношения. Ищем, что у него к этому моменту успевает перегреться (маловероятный вариант).
Если моц глохнет при любом срабатывании вентилятора (в т.ч. и на холодном движке), а вентилятор потребляет штатную мощность, то начинаются самые веселые танцы с бубном: ищем, причину проблем по всему мотоциклу.
1 Вместо вентилятора вешаем лампочку приблизительно той же (или несколько большей) мощности, что у вентилятора, и снова имитируем срабатывание вентилятора. Если заглох, значит надо искать проблему в генераторе/аккумуляторе/регуляторе напряжения - при паспортном потреблении тока мотоциклу не хватает электричества.
2 Если не заглох от лампочки - эмулятора вентилятора, но глохнет при включении самого вентилятора, то надо искать всякую экзотику:
- Ищем схему подключения вентилятора - не исключено, что у него есть собственный фильтр подавления помех (чтобы он не вносил помехи в бортовую сеть). При пробое этого фильтра вносимые им помехи могут "сносить крышу" коммутатору.
- Если такого фильтра в вентиляторе нету (скорее всего), то может быть пробит собственный фильтр питания коммутатора - опять помехи от вентилятора сносят ему крышу.
Ах да, еще надо выяснить, не покопались ли в схеме чьи-нить "ручки золотые - под стекло, чтобы ничего не трогали" - если мотоцикл ковыряли все, кому не лень, не исключено, что просто плюс на вентилятор взят откуда-то из "левой" точки... например, ответвлен от плюса датчика зажигания. Т.е. вентилятор включаясь просто закорачивает датчик.
Но вся эта экзотика, повторюсь, маловероятна - скорее всего просто закорочена часть витков обмотки вентилятора, соответственно, через него идет бешеный ток и мотоциклу в итоге не хватает электричества.
. знаю только одно как сказал Ирбис золотые ручки там точно копались до меня. так как выведены два прикуривателя на пластик. видимо для зарядки навигатора и еще чего нибудь. Буду смотреть пошел за лампочками. и словарем для прочетения сервисных книг. еще раз выражаю все свою огромную благодарность. 
Начни с проверки потребляемого вентилятором тока... с бубном танцевать потом будешь